Keberadaan Sekolah Kristen Kalam Kudus Pekanbaru tidak terlepas dari keberadaan Gereja Kristen Kalam Kudus. Sekolah Kristen Kalam Kudus merupakan salah satu wujud nyata dari pelaksanaan misi Gereja Kristen Kalam Kudus, yaitu memberitakan Injil Yesus Kristus kepada semua orang.
Cikal bakal berdirinya Sekolah Kristen Kalam Kudus di Pekanbaru pertama sekali di awali dengan berdirinya TK Kristen Kalam Kudus pada bulan Juli tahun 1979 dengan siswa sejumlah 69 anak. Kelompok Bermain Kristen Kalam Kudus mulai dibuka pada tahun 1990 dengan siswa jumlah 11 anak. Hingga sekarang keberadaan KB Kristen Kalam Kudus menyatu dengan TK Kristen Kalam Kudus.
SD Kristen Kalam Kudus berdiri pada tanggal 1 Januari tahun 1970 dan menerima murid baru sekitar 140 murid untuk kelas I sampai kelas IV. SD Kristen Kalam Kudus pada waktu itu teletak di Jalan Tangkuban Perahu Gg. Jaya No.20 (sekarang Gereja Kristen Kalam Kudus) dengan luas tanah hanya sekitar 900m2.
Pada pertengahan tahun 1974 keluar instruksi KOWILHAN I Sumatera/Kalbar yang isinya agar dilakukan pembauran di lingkungan sekolah. Sekolah-sekolah yang mayoritasnya warga keturunan harus diadakan pembauran dengan presentasi 60% murid pribumi dan 40% murid non pribumi. Bagi sekolah-sekolah yang tidak mengindahkan instruksi tersebut akan terancam ditutup. Hal ini merupakan salah satu tantangan yang cukup besar bagi Sekolah Kristen Kalam Kudus Pekanbaru yang pada waktu itu memiliki murid mayoritas warga keturunan. Hal yang paling sulit adalah ketika pihak sekolah harus memutuskan siapa yang tinggal dan siapa yang harus dipindahkan. Pada masa-masa seperti ini, berbagai upaya (termasuk promosi dan kegiatan) kemudian dilakukan untuk mempertahankan Sekolah Kristen Kalam Kudus Pekanbaru.
Kemudian pada tahun 1975, murid-murid yang dipindahkan ke SD Negeri bisa kembali ke SD Kalam Kudus dengan syarat harus membawa satu orang murid pribumi, sehingga jumlah siswa non dan pribumi menjadi berimbang. Akhirnya, pemerintah memberi isyarat bahwa sekolah dapat kembali beroperasi. Dan pada tahun 1976 dibangun gedung sekolah yang baru, yang berlokasi di Jalan Lokomotif No.118 (Gedung Sekolah yang Sekarang).
